Redan året efter att Skansen öppnade, 1892, hade grundaren Artur Hazelius anlagt en mindre örtagård som med tiden kom att bli en trädgård bakom Laxbrostugan. Här skulle Skansens besökare hämta lärdom från 1600-talets odlande och lära sig om örter som förknippats med folklig tro och seder. En anläggning med sädesslag och foderväxter placerade han intill Vaktstugan, den plats som är dagens Örtagård.
År 1914 omvandlade Alarik Behm, chef för Skansens naturhistoriska avdelning 1907–37, platsen till en ny örtagård vilket snabbt kom att bli ett mycket populärt inslag på Skansen. Den blev även en förebild för andra örtagårdar i landet och liknande anläggningar på friluftsmuseer runtom i världen. Skansen började på begäran skicka fröer, rotskott och annat växtmaterial till alla intresserade.
Örtagården i modern tid
Ett halvt sekel senare, 1964–65, genomförde trädgårdsarkitekt Walter Bauer en både nödvändig och genomgripande förändring av Örtagården. Det var då den fick sina idag bekanta drag från äldre tiders klosterträdgårdar med korsgång och kvarter, och han förde in ett hundratal kryddväxter, medicinalväxter och prydnadsväxter. Han lade även till växter som används vid färgning av textilier och annat naturmaterial.