Varje år tar Östersjön emot mer än 30 000 ton fosfor och nästan en miljon ton kväve. Det bor mer än 85 miljoner människor i avrinningsområdet och mer än 55 miljoner nära kusterna eller vid de vattendrag som mynnar ut i havet. Från alla dessa människor och deras verksamheter, som industrier, trafik och jordbruk, transporteras föroreningar till havet från vattendrag och via nedfall från atmosfären.
För mycket näringsämnen leder till ökad tillväxt av exempelvis växtplankton. Mängden organiskt material ökar, och detta utlöser i sin tur en rad fysikaliska, kemiska och biologiska förändringar i växt- och djursamhällena, liksom förändringar i processer i och på bottensedimenten. Något som vi ser i form av algblomning vid våra badplatser.
När det blir för mycket organiskt material i systemet bryts inte överskottet ner. De samlas på bottenområdena som drabbas av syrebrist och bottenlevande djur får svårt att klara sig. Östersjöområdet är, med sin långsamma vattenomsättning, särskilt känsligt för övergödning.
Algblomningen är ett naturligt fenomen och hör till algernas normala livscykel. Olika typer av alger blommar vid olika tider på året, beroende på ljus, temperatur, näringsförhållanden och konkurrens med andra arter.
Giftiga algblomningar orsakas av cyanobakterier som kräver stora mängder fosfor för att växa till. Tidigare ansåg man att lösningen på problemet med giftiga algblomningar var att få bort utsläppen av fosfor, men det har visat sig att mängden fosfor i systemet hänger ihop med mängden kväve. Kväve i stora mängder ger ökad produktion av andra alger, vilket leder till mer syrefria bottnar. I de syrefria bottnarna frisätts fosfor, som kan användas till cyanobakteriernas tillväxt. Minskningen av kväve- och fosforbelastningen måste gå hand i hand, och svaret på om kväve eller fosfor ska minskas är att utsläppen av båda måste minska.
Från älvar och vattendrag kommer naturligt en hel del kväve och fosfor, som hamnar i havet. Ungefär en fjärdedel av den totala kväve- och fosfortillförseln via älvar kring Östersjön och Västerhavet härrör från naturliga källor. Men resten, alltså tre fjärdedelar orsakas av mänsklig aktivitet som utsläpp från reningsverk och industrier samt läckage från jordbruksmark och skogsmark. Människans största bidrag till näringsinnehållet i svenska vattendrag kommer från jordbruket. Tätorternas avloppsrening har förbättrats radikalt de senaste tiotal åren, och även industriernas utsläpp. Numera är det massafabriker och pappersbruk som står för merparten av de industriella utsläppen av näringsämnen till svenska kustvatten.